微生物学系是浙大医学院专业从事医药微生物教学、前沿基础研究、技术创新和产业应用的学科系，建有浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室、浙江省微生物制药技术工程实验室，教授/研究员10人和一批副教授，其中浙江大学求授特聘教授1人、国家杰出青年基金获得者1位、国家优秀青年基金得者1位、海外优秀青年人才计划获得者5位等，主要研究方向为微生物合成生物学、病原微生物学和微生物制药。

微生物学系近年承担了国家重点研发计划合成生物学专项项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金重点项目、863合成生物技术重大专项课题、国家新药创制重大专项课题等国家级重要项目，授权和申请发明专利50多项，获省部级级科技奖一等奖3项、二等奖5项，近5年在国际主流刊物上发表SCI论文200余篇。研究团队深入阐析了致病菌的感染与耐药机制，系统解析了微生物药物生物合成与调控的分子机制，建立了以基因组重塑、合成途径重构、调控网络重组为核心的微生物药物合成生物学关键技术。注重基础与技术链接、技术与产业互动，通过产学研合作主导了达托霉素、他克莫司、纳他霉素、达巴万星、奥利万星、L-酒石酸等新药研发或药物生产菌高产改造，支撑合作企业获多项新药证书和生产批文，社会经济效益显著。

微生物学系设有微生物学博士点、病原生物学博士点、生物与医药工程硕士点（微生物制药方向）及上述学科的博士后流动站，两个二级学科介绍如下：

1. 微生物学（生物学的二级学科）

主要研究方向：微生物合成生物学、微生物制药、微生物药物生物合成与调控机制、抗生素耐药机制、微生物药用基因资源挖掘等。

主要研究内容：微生物天然产物的生物合成机制，次级代谢调控网络分子机制，微生物基因组表观遗传修饰作用机制，药用基因资源挖掘技术，异源基因簇与底盘细胞的适配性分子机制，抗生素耐药的分子机制，病原微生物与宿主互作机制，病原微生物致病分子机制。

2. 病原生物学（基础医学的二级学科）

主要研究方向：病原微生物（包括细菌、病毒和真菌）的致病机制、病原菌耐药机制、病原菌感染播散机制、疫苗研发等。

主要研究内容：动物与细胞感染模型的构建，病原微生物与宿主互作机制，病原微生物致病机制，病原菌感染播散与防治机制，病原菌抗生素耐药性的播散机制，基于致病机制的疫苗研制。